Né à Dublin (Irlande) en 1851, dans une famille de tradition méthodiste ; son père est franc-maçon et s’intéresse au mysticisme. La famille émigre en 1864 aux Etats-Unis et s’installe à Brooklyn. William devient citoyen américain et étudie le droit commercial. Il épouse Ella Miller Smith dont il n’eut qu’un enfant, qui mourut en bas âge.
Sa rencontre avec H. P. Blavatsky, établie aux Etats-Unis depuis 1873, va bouleverser sa vie. C’est le colonel H. S. Olcott qui l’oriente vers elle et organise la rencontre. W. Judge restera le disciple dévoué et l’ami de HPB tout au long de sa vie. A 24 ans, il est un des premiers membres de la Société Théosophique, fondée à New York le 17 novembre 1875. En février 1884, sur l’invitation des « Maîtres », il se rend à Adyar, aux Indes, où la Société a installé ses quartiers généraux. Mais il doit bientôt revenir aux Etats-Unis, pour y mener la campagne de réhabilitation de la Société, qui subit les retours de bâton des accusations de supercherie portés contre HPB. Il devient le Secrétaire Général de la Section américaine, qui se développe rapidement sous son impulsion. Il est l’auteur (sous divers pseudonymes) de la majorité des articles paraissant dans la Revue américaine de la Société : The Path (avril 1886). Il participe également à la Revue The Theosophist (fondée en Inde en 1879) et Lucifer (lancée par HPB à Londres, en 1887).
En 1888 il devient vice-président de la Société Théosophique et directeur de la Section Esotérique que HPB vient de créer. Ce soutien inconditionnel de la Fondatrice lui attire la jalousie de ses autres collaborateurs, en particulier de H. S. Olcott lui-même, qui sent ses prérogatives de Président de la Société Théosophique sérieusement menacées par la création de cette Section Esotérique qui échappe à sa juridiction.
Mais les principales difficultés pour W. Judge viendront du côté d’Annie Besant. Deux ans après la mort de HPB dont elle était devenue la femme de confiance, celle-ci est déjà associée à Judge à la direction de la Section Esotérique. Comme le pouvoir ne se partage pas dans les Sociétés ésotéro-occultes, l’orage éclate ; W. Judge est mis en cause par A. Besant et H. S. Olcott qui l’accusent de fraude : il aurait imité l’écriture et rédigé lui-même des messages venant prétendument des Maîtres, pour favoriser ses ambitions personnelles. Le procès qui s’en suit conduit à une scission au sein de la Société.
Minée par ces attaques répétées et cette atmosphère de délation permanente, la santé fragile de W. Judge ne résiste pas : il meurt le 21 mars 1896, à New York.